1. Biyoloji karışık bir bilim olduğundan, birkaç tutarsızlığın gerçekleşmesi beklenen bir şeydir. Genlerin, farklı soylarda her zaman aynı şekilde evrilmesi gerekmez. Bazı moleküller, seçilimle ya da şans eseri birbirine yakınsayabilir (ing. converge). Yatay gen aktarımı nadiren de olsa gerçekleşir. Bu tür istisnalar çok sık gerçekleşmese bile, çok sayıda tutarlı sonucun arasında az da olsa yine de var olacaklardır. Çoğu tutarsızlık, birden fazla genin analizini temel alarak çözülebilmektedir.⁽¹⁾
Diğer tutarsızlıklar, yöntemsel veya yorumsal hatalar sonucu ortaya çıkmaktadır.⁽²⁾ Filogenetik analiz oldukça karmaşık bir konudur; dolayısıyla onu çok iyi kavrayamamış olan kişilerin işlemi de her zaman doğru bir şekilde uygulaması beklenemez. Bir bilim insanının yöntemlerini ve sonuçlarını yayınlaması, diğerlerinin onun hatalarını bulmasını sağlar. Sürekli olarak tutarsızlık arayan yaratılışçılar, ikiyüzlü bir tutumla çok sayıdaki tutarlı sonucu ve birkaç istisnai tutarsızlığın oluşum sebeplerini göz ardı ederek, var olan bu iki üç istisnayı aradan seçebilirler.

2. Öne sürülen bazı tutarsızlıklar, aslında tutarlıdır. Örneğin yukarıdaki iddianın sahibi olan Wells, “deniz kestanelerinin kordalılar arasında sınıflandırıldığı” bir çalışmayı öne sürer ⁽³⁾; ama deniz kestaneleri (ve genel olarak derisidikenlilerin hepsi) sınıflandırmada zaten kordalılarla kızkardeş gruptadır. Wells ayrıca, “ineklerin balinalara, atlardan daha yakın olduğunu gösteren” bir çalışmayı öne sürer⁽³⁾; ki bu da genetik, morfolojik ve fosilsel kanıtlarla tamamen uyumlu bir bilgidir.

Kaynaklar:
1. Rokas, A., B. L. Williams, N. King and S. B. Carroll, 2003. Genome-scale approaches to resolving incongruence in molecular phylogenies. Nature 425: 798-804.
2. Sanderson, Michael J. and H. Bradley Shaffer, 2002. Troubleshooting molecular phylogenetic analyses. Annual Review of Ecology and Systematics 33: 49-72.
3. Wells, 2000.